Садржај
Технике електрофорезе раздвајају молекуле ДНК на основу њихових величина; сличне технике за протеине могу их раздвојити на основу величине или набоја. У оба случаја, гел кроз који молекуле мигрирају се припрема употребом пуферованог раствора, хемикалије која делује да стабилизује пХ. Капа испуњава неколико битних улога у електрофорези.
Цуррент
Електрофорезни гел функционише тако што се електрична струја наноси на потопљену плочу гела у пуферу. Молекули ДНК су негативно набијени, а протеини могу бити негативно набијени тако што ће их прво денатурирати, а затим их третирати са натријум додецил сулфатом (СДС). Протеини или ДНК молекули мигрирају из негативно набијене катоде у позитивно наелектрисану аноду. Вода је, међутим, прилично сиромашно возило у садашњости - оно само преноси струју ефективно када раствара супстанце у њој, док се напуњени јони крећу у електричном пољу. Буферни раствор има већу концентрацију јона (већу јонску снагу), тако да може носити много више струје него чиста вода.
ПХ промена
ПХ мери концентрацију водоничног јона. Промена пХ вредности може да промени нето набој молекула, као што је протеин или ДНК, узрокујући спорију (или бржу) миграцију. То је зато што ови молекули имају основне делове који прихватају водоничне ионе (протони) и многе киселе делове који могу донирати протоне. Када киселина донира протон, он постаје негативно набијен; када база прихвата протон, напротив, добија се позитивно оптерећење. Како се концентрација јона водоника у раствору повећава, протеини и ДНК постају мање негативно набијени (или више позитивно набијени). ПХ вредност код које молекул, као што је протеин, нема набоја, назива се изоелектрична тачка. Пуфери стабилизују пХ у гелу на нивоу где ће ДНК бити негативно набијена и мигрираће по жељи.
Стацкинг гел
Пуфери играју још комплекснију улогу у некој врсти електрофорезе која се зове СДС-ПАГЕ, или натријум додецил сулфат, полиакриламидна електрофореза. Ово је једна од најчешћих техника за анализу протеина. Они су денатурирани топлотном обрадом и затим обложени натријум додецил сулфатом, и тек тада додани у гел, који обично иде вертикално. Гел има два региона, један за слагање (у горњем делу) и онај за трчање испод. Гел за слагање се припрема са другачијим пуфером, тако да је његов пХ нижи од оног у гелу за трчање, штавише, он има мању јонску снагу. Ова два фактора узрокују слагање протеина, тако да се све то одвија у истом времену. Овај ефекат помаже да се обезбеди раздвајање протеина у гелу у складу са њиховом величином.
Цап ДНА елецтропхоресис
Два најчешћа пуфера за ДНК гел електрофорезу су трис-ацетат ЕДТА и трис-борат ЕДТА, где ЕДТА означава етилендиаминтетраацетатну киселину. Важно је зато што служи као келатор за магнезијумове ионе, уклањајући их из раствора. Ови јони су суштински кофактори за ензиме који се називају ДНК који ломе ДНК, тако да ЕДТА у пуферу функционише као додатна мера предострожности да се спрече било какви проблеми са ДНК.