Садржај
Лисе је грчка реч и једноставно значи „делити“ или „распадати се“. Добар је опис реакције која се јавља са ћелијама у пуферу за лизу, решење које их разграђује да би се издвојио њихов садржај. Научници користе ова решења за издвајање ДНК или протеина у ћелијској анализи, посебно у случају бактерија. Тип пуфера за лизу ћелија варира у зависности од врсте експеримента, али поменућемо неке уобичајене изборе.
Пуфер и сол
Пуферски раствори стабилизују пХ, док ћелије пролазе кроз процес лизе. Раствор трис-ХЦЛ је најчешћи пуфер за пуферовање при пХ 8, ако је пХ потребан. ХЕПЕС је још једно уобичајено пуферско решење у овим експериментима. Натријум хлорид се такође може додати за повећање јонске снаге, укупне концентрације растворених супстанци ван ћелија. Ово последње је важно јер се вода може проширити на све ћелијске мембране, од региона са ниском концентрацијом растворених супстанци до оних са високом концентрацијом.
Детерџент
Детерџент је главни састојак који раствара ћелијску мембрану како би садржај могао да побегне. Детерџенти су амфипатски молекули, то јест са једним крајем који лако ступа у интеракцију са молекулима воде, док други хидрофобни крај, или „који се боји воде“, не врши ту интеракцију. Они могу растворити масноће формирајући мицеле, мале групе, у којима хидрофобни репови молекула детерџента показују ка молекулама масти. Уобичајени детерџенти су натријум додецил сулфат или СДС, НП-40 и тритонКс.
Хелатни агенси и инхибитори
Пуфери за лизу такође садрже хелатна средства као што су етилен диаминтетрасирћетна киселина (ЕДТА) или ретилен гликол тетрацетна киселина (ЕГТА). Ове хемикалије се везују за јоне метала са +2 наелектрисања (на пример, магнезијум и калцијум), чинећи их недоступним за друге реакције. Многе ДНК (протеини који жваћу ДНК) и протеазе (протеини који секу остале протеине) требају јоне магнезијума да би деловале, па им ускраћивањем овог главног састојка, ЕДТА и ЕГТА, помажу у смањењу нивоа протеазе или активности ДНАсе. Међутим, они их не искључују у потпуности, а неке протеазе не зависе од магнезијумових кофактора, па пуфери за лизу понекад садрже и супстанце назване инхибиторима протеазе, које се на њу везују и спречавају да правилно функционише.
Алкална лиза
Алкална лиза је врло честа техника за пречишћавање плазмида од бактерија. Ова метода подразумева употребу три решења. Прва садржи глукозу, трис-ХЦЛ пуфер, ЕДТА и РНАзе. Глукоза ствара високу концентрацију растворјене течности изван бактерија, тако да оне постају благо млитаве, олакшавајући процес лизе. ЕДТА и трис-ХЦЛ делују како је претходно описано, док ће РНАза жвакати било коју РНК унутар ћелије да би је склонила са пута. Друго решење ефикасно врши лизу ћелија. Садржи детерџент СДС и НаОХ, који подижу пХ на 12 или више, денатурацијом протеина унутар ћелије и узрокујући одвајање ДНК у једноставне филаменте. Трећи раствор садржи калијум ацетат за враћање пХ на неутралнији ниво, тако да се ланци плазмидне ДНК могу спојити. У међувремену, денатурисани протеини се удружују и таложе, док се додецил сулфатни јони спајају са јонима калијума да би створили нерастворљиво једињење, које такође може да преципитира из раствора.